Το εργαστήριο βρίσκεται στο ισόγειο του Μουσείου όπου οι επισκέπτες μπορούν να παρακολουθήσουν την κατασκευή των κομπολογιών.
Εκεί συντηρούνται τα παλιά κομπολόγια και κατασκευάζονται πιστά αντίγραφα με χειροποίητες χάντρες από: ατόφιο κεχριμπάρι, κεχριμπάρι-μαστίχα, κεχριμπάρι φατουράν, κόκκαλο, όστρακο, κοράλλι, κέρατο, κρύσταλλο, τεχνητή ρητίνη, κλπ.